O parque abrange cerca de 14 quilômetros quadrados de lagoa rasa a cinco quilômetros de Victoria, englobando seis ilhas de granito: Sainte Anne, Moyenne, Cerf, Long, Round e Île Cachée. A sua base é composta por granito pré-cambriano, com quase 750 milhões de anos, uma geologia partilhada por nenhum outro grupo de ilhas em mar aberto na Terra. Sainte Anne recebeu os primeiros colonos permanentes do arquipélago em 1770; vinte e oito pessoas desembarcaram sob a reivindicação de Corneille Nicolas Morphey. A Ilha Cerf recebe o nome da fragata Cerf, que transportou essa expedição. Uma estação baleeira operou em Sainte Anne durante o século XIX; as suas fundações permanecem no meio da vegetação. Hoje, um passeio pelo parque marinho de Sainte Anne cruza águas que outrora transportavam óleo de baleia para Mahé.
Moyenne possui a história mais peculiar. Brendon Grimshaw, um editor de jornal de Yorkshire, comprou a ilha de nove hectares em 1962 por 8.000 libras e passou quarenta e sete anos a plantar 16.000 árvores e a limpar trilhas à mão. Ele introduziu tartarugas gigantes de Aldabra, cujos descendentes ainda pastam no interior. Duas sepulturas sem identificação e uma lenda persistente de tesouro pirata situam-se perto do caminho do cume. Grimshaw morreu em 2012; Moyenne tornou-se um parque nacional por direito próprio em 2009, absorvido pela área protegida mais ampla. A maioria dos passeios pelo parque marinho de Sainte Anne e os itinerários mais focados em passeios de snorkel no parque marinho de St. Anne desembarcam aqui.
A lagoa é importante ecologicamente tanto quanto historicamente. Pradarias de ervas marinhas de Thalassodendron e Syringodium cobrem as águas rasas entre as ilhas, alimentando uma população residente de tartarugas-de-pente e tartarugas-verdes que fazem ninho nas praias do norte de Cerf. A cobertura de corais sofreu severamente nos eventos de branqueamento de 1998 e 2016; programas de viveiros geridos pela Autoridade de Parques e Jardins das Seychelles transplantaram desde então corais staghorn e de mesa para recifes degradados. Peixes-papagaio, peixes-morcego, sargentos e, ocasionalmente, raias-águias movem-se através de águas raramente mais profundas que oito metros. Essa clareza é a razão pela qual um passeio de barco no parque marinho de St. Anne opera frequentemente com um casco de vidro em vez de um convés fechado.
A proteção é financiada diretamente pelos visitantes. A taxa de conservação de 200 SCR — por pessoa, para não residentes a partir de 12 anos — financia patrulhas de guardas florestais, boias de amarração e monitorização de recifes. Um bilhete para um passeio no parque marinho de Sainte Anne é, nesse sentido restrito, uma assinatura para a existência contínua do recife.