Le parc couvre environ 14 kilomètres carrés de lagon peu profond à cinq kilomètres de Victoria, englobant six îles granitiques : Sainte-Anne, Moyenne, Cerf, Long, Round et Île Cachée. Leur socle rocheux est constitué de granit précambrien vieux de près de 750 millions d'années, une géologie que ne partage aucun autre archipel au milieu de l'océan sur Terre. Sainte-Anne a accueilli les premiers colons permanents de l'archipel en 1770, vingt-huit personnes ayant débarqué sous la revendication de Corneille Nicolas Morphey. L'île au Cerf tire son nom de la frégate Le Cerf, qui transportait cette expédition. Une station baleinière a fonctionné à Sainte-Anne tout au long du XIXe siècle ; ses fondations subsistent dans les sous-bois. Aujourd'hui, une excursion au parc marin de Sainte-Anne traverse des eaux qui transportaient autrefois l'huile de baleine vers Mahé.
Moyenne possède une histoire plus étrange. Brendon Grimshaw, un rédacteur en chef de journal du Yorkshire, a acheté l'île de neuf hectares en 1962 pour 8 000 £ et a passé quarante-sept ans à planter 16 000 arbres et à défricher des sentiers à la main. Il a introduit des tortues géantes d'Aldabra, dont les descendants broutent toujours l'intérieur. Deux tombes anonymes et une légende persistante sur un trésor de pirate se trouvent près du sentier du sommet. Grimshaw est décédé en 2012 ; Moyenne est devenue un parc national à part entière en 2009, absorbée dans la zone protégée plus large. La plupart des excursions au parc marin national de Sainte-Anne et les sorties plus spécialisées de snorkeling au parc marin de Sainte-Anne font escale ici.
Le lagon est aussi important sur le plan écologique qu'historique. Les herbiers marins de Thalassodendron et Syringodium tapissent les hauts-fonds entre les îles, nourrissant une population résidente de tortues imbriquées et de tortues vertes qui nichent sur les plages nord de l'île au Cerf. La couverture corallienne a gravement souffert des épisodes de blanchissement de 1998 et 2016 ; des programmes de pépinières gérés par la Seychelles Parks and Gardens Authority ont depuis transplanté des coraux staghorn et coraux tabulaires sur les platiers récifaux dégradés. Des poissons-perroquets, des platax, des sergents-majors et occasionnellement des raies aigles évoluent dans des eaux rarement plus profondes que huit mètres. Cette clarté est la raison pour laquelle une excursion en bateau au parc marin de Sainte-Anne se fait si souvent avec une coque à fond de verre plutôt qu'avec un pont fermé.
La protection est financée directement par les visiteurs. La taxe de conservation de 200 SCR — par personne, pour les non-résidents de 12 ans et plus — finance les patrouilles des gardes forestiers, les bouées d'amarrage et la surveillance des récifs. Un billet pour une excursion au parc marin de Sainte-Anne est, dans ce sens restreint, une souscription à la survie du récif.