Der Park umfasst etwa 14 Quadratkilometer flache Lagune fünf Kilometer vor Victoria und schließt sechs Granitinseln ein: Sainte Anne, Moyenne, Cerf, Long, Round und Île Cachée. Ihr Grundgestein besteht aus präkambrischem Granit, der fast 750 Millionen Jahre alt ist – eine Geologie, die keine andere ozeanische Inselgruppe der Erde aufweist. Auf Sainte Anne ließen sich 1770 die ersten ständigen Siedler des Archipels nieder; achtundzwanzig Menschen landeten unter dem Anspruch von Corneille Nicolas Morphey. Cerf Island verdankt seinen Namen der Fregatte Cerf, die diese Expedition transportierte. Im neunzehnten Jahrhundert betrieb man auf Sainte Anne eine Walfangstation; deren Fundamente sind noch heute im Unterholz zu finden. Heute überquert eine Sainte Anne Marine Park Tour Gewässer, die einst Walöl nach Mahé beförderten.
Moyenne hat die kuriosere Geschichte. Brendon Grimshaw, ein Zeitungsredakteur aus Yorkshire, kaufte die neun Hektar große Insel 1962 für 8.000 £ und verbrachte siebenundvierzig Jahre damit, 16.000 Bäume zu pflanzen und von Hand Wanderwege anzulegen. Er führte Aldabra-Riesenschildkröten ein, deren Nachfahren noch heute im Inselinneren grasen. Zwei unmarkierte Gräber und eine hartnäckige Legende um Piratenschätze befinden sich in der Nähe des Gipfelwegs. Grimshaw starb 2012; Moyenne wurde 2009 als eigenständiger Nationalpark in das größere Schutzgebiet eingegliedert. Die meisten Sainte Anne Marine National Park Touren und die spezialisierteren St. Anne Marine Park Schnorcheltouren legen hier an.
Die Lagune ist ökologisch ebenso wichtig wie historisch. Seegraswiesen aus Thalassodendron und Syringodium bedecken den flachen Meeresboden zwischen den Inseln und ernähren eine Population von Echten Karettschildkröten und Suppenschildkröten, die an den nördlichen Stränden von Cerf nisten. Die Korallenbedeckung litt schwer unter den Bleichereignissen 1998 und 2016; Aufzuchtprogramme der Seychelles Parks and Gardens Authority haben seitdem Geweih- und Tischkorallen auf geschädigte Riffabschnitte verpflanzt. Papageifische, Fledermausfische, Sergeant-Major-Fische und gelegentlich Adlerrochen bewegen sich in Wasser, das selten tiefer als acht Meter ist. Diese Klarheit ist der Grund dafür, dass eine St. Anne Marine Park Bootstour so oft mit einem Glasbodenboot statt mit einem geschlossenen Deck durchgeführt wird.
Der Schutz wird direkt durch Besucher finanziert. Die Naturschutzgebühr von 200 SCR – pro Person, für Nichtansässige ab 12 Jahren – finanziert Ranger-Patrouillen, Ankerbojen und die Überwachung des Riffs. Ein Ticket für eine Sainte Anne Marine Park Tour ist in diesem Sinne ein Beitrag zum Fortbestehen des Riffs.