El parque cubre aproximadamente 14 kilómetros cuadrados de laguna poco profunda a cinco kilómetros de Victoria, englobando seis islas de granito: Sainte Anne, Moyenne, Cerf, Long, Round e Île Cachée. Su lecho rocoso es de granito precámbrico, con cerca de 750 millones de años de antigüedad, una geología que no comparte ningún otro grupo de islas en medio del océano en la Tierra. La propia Sainte Anne recibió a los primeros pobladores permanentes del archipiélago en 1770; veintiocho personas desembarcaron bajo la reclamación de Corneille Nicolas Morphey. La isla Cerf debe su nombre a la fragata Cerf, que transportó dicha expedición. Una estación ballenera operó en Sainte Anne durante el siglo XIX; sus cimientos aún permanecen entre la maleza. Hoy en día, un tour por el parque marino de Sainte Anne surca aguas que alguna vez transportaron aceite de ballena hacia Mahé.
Moyenne guarda la historia más extraña. Brendon Grimshaw, un editor de periódicos de Yorkshire, compró la isla de nueve hectáreas en 1962 por 8.000 libras y pasó cuarenta y siete años plantando 16.000 árboles y despejando senderos a mano. Introdujo tortugas gigantes de Aldabra, cuyos descendientes aún pastan en el interior. Dos tumbas sin marcar y una persistente leyenda de tesoro pirata se encuentran cerca del sendero de la cumbre. Grimshaw murió en 2012; Moyenne se convirtió en parque nacional por derecho propio en 2009, siendo absorbido por el área protegida más amplia. La mayoría de los tours por el parque marino nacional de Sainte Anne y los itinerarios más específicos de tours de snorkel por el parque marino de Sainte Anne desembarcan aquí.
La laguna es tan importante ecológica como históricamente. Los prados de pastos marinos de Thalassodendron y Syringodium cubren los bajíos entre las islas, alimentando a una población residente de tortugas carey y verdes que anidan en las playas del norte de Cerf. La cobertura de coral sufrió gravemente en los eventos de blanqueamiento de 1998 y 2016; los programas de vivero gestionados por la Autoridad de Parques y Jardines de Seychelles han trasplantado desde entonces coral cuerno de ciervo y coral mesa a los arrecifes degradados. Peces loro, peces murciélago, peces sargento mayor y rayas águila ocasionales se mueven a través de aguas que rara vez superan los ocho metros de profundidad. Esa claridad es la razón por la que un tour en barco por el parque marino de Sainte Anne suele realizarse con fondo de cristal en lugar de una cubierta cerrada.
La protección está financiada directamente por los visitantes. La tasa de conservación de 200 SCR —por persona, para no residentes mayores de 12 años— financia las patrullas de guardaparques, las boyas de amarre y el monitoreo de los arrecifes. Un boleto para un tour por el parque marino de Sainte Anne es, en ese sentido estricto, una suscripción a la existencia continua del arrecife.