Il parco copre circa 14 chilometri quadrati di laguna poco profonda a cinque chilometri da Victoria, racchiudendo sei isole di granito: Sainte Anne, Moyenne, Cerf, Long, Round e Île Cachée. Il loro basamento è granito precambriano, risalente a quasi 750 milioni di anni fa, una geologia condivisa con nessun altro gruppo di isole di mezzo oceano sulla terra. Sainte Anne stessa ricevette i primi coloni permanenti dell'arcipelago nel 1770, ventotto persone sbarcarono sotto la rivendicazione di Corneille Nicolas Morphey. Cerf Island prende il nome dalla fregata Cerf, che trasportò quella spedizione. Una stazione baleniera operò su Sainte Anne per tutto il XIX secolo; le sue fondamenta rimangono nel sottobosco. Oggi, un tour del parco marino di Sainte Anne attraversa acque che un tempo trasportavano olio di balena verso Mahé.
Moyenne conserva la storia più insolita. Brendon Grimshaw, un editore di giornali dello Yorkshire, acquistò l'isola di nove ettari nel 1962 per 8.000 sterline e trascorse quarantasette anni piantando 16.000 alberi e ripulendo sentieri a mano. Introdusse le tartarughe giganti di Aldabra, i cui discendenti pascolano ancora nell'interno. Due tombe senza nome e una persistente leggenda su un tesoro pirata si trovano vicino al sentiero della vetta. Grimshaw morì nel 2012; Moyenne divenne un parco nazionale a sé stante nel 2009, assorbito nell'area protetta più ampia. La maggior parte dei tour del parco marino di Sainte Anne e gli itinerari più mirati del tour di snorkeling al parco marino di St Anne fanno scalo qui.
La laguna è importante ecologicamente tanto quanto storicamente. Prati di alghe marine di Thalassodendron e Syringodium ricoprono i fondali bassi tra le isole, nutrendo una popolazione residente di tartarughe embricate e verdi che nidificano sulle spiagge settentrionali di Cerf. La copertura corallina ha sofferto gravemente negli eventi di sbiancamento del 1998 e del 2016; i programmi di vivaio gestiti dalla Seychelles Parks and Gardens Authority hanno da allora trapiantato corallo staghorn e corallo a tavola sulle scogliere degradate. Pesci pappagallo, pesci pipistrello, castagnole e occasionali aquile di mare si muovono attraverso acque raramente più profonde di otto metri. Tale limpidezza è il motivo per cui un tour in barca al parco marino di St. Anne si svolge così spesso con uno scafo dal fondo in vetro anziché un ponte chiuso.
La protezione è finanziata direttamente dai visitatori. La tassa di conservazione di 200 SCR — per persona, per i non residenti dai 12 anni in su — finanzia pattuglie di ranger, boe di ormeggio e il monitoraggio della barriera corallina. Un biglietto per il tour del parco marino di Sainte Anne è, in questo senso ristretto, un abbonamento alla continua esistenza della barriera corallina.